Veel van de huidige conflicten hebben ook te maken met de geschiedenis van de Balkan. Zo begon het erbij dat in 1389 de Ottomanen Servië versloegen en innamen op een slag in Kosovo. Daarna werden ook Bulgarije, Griekenland en andere landen en delen van de Balkan veroverd door de Ottomanen. Hoewel ze niet alle landen van de Balkan wisten te veroveren was het een machtig rijk dat zelfs heeft geprobeerd Wenen te veroveren, wat helaas wel mislukte. Tegen dit rijk zijn er vele opstanden geweest door bewoners in de Balkan, maar zonder succes. Ook in Servië is er destijds een opstand geweest. Toen deze mislukte zijn veel Serviërs naar Kroatië gevlucht, en in Servië zijn toen veel Albanezen gaan wonen

De Ottomanen introduceerden ook de islam in de Balkan. Het grootste deel in dit gebied was echter oosters-orthodox. Het was wel handig om je te bekeren tot de islam, omdat je dan van de Ottomanen minder belasting hoefde te betalen of je kreeg een stuk grond. Daarom bekeerden veel Albanezen en een deel van Bosnië zich tot de islam. Islamitische Turken vestigden zich in Bulgarije.

Rond 1700 nam de macht van de Ottomanen af. Dit kwam omdat Oostenrijk-Hongarije steeds meer gebieden op de Balkan overnam. Zij probeerden één groot rijk te stichten. Dit lukte soms voor een bepaalde tijd, maar dan waren er toch weer landen afhankelijk. Rond 1800 begonnen de eerste Balkanvolkeren hun eigen staten te stichten, en zo ontstonden Griekenland, Servië en Bulgarije. In het begin van de twintigste eeuw viel uiteindelijk in heel Europa het Ottomaanse rijk en ook Oostenrijk-Hongarije werd verdreven. Joegoslavië ontstond, één groot land waarin veel verschillende volkeren leefden, soms gedwongen. Aan het eind van die eeuw viel ook dit land uiteen en ontstonden Slovenië, Kroatië en Macedonië. Uiteindelijk ontstond ook een paar jaar later Montenegro.